Depois de fazer algumas criticas a adoração/devoção mariana. O Padre Fábio de Melo vem sofrendo com a critica de alguns católicos que o querem fora da igreja, felizmente a noticia de que ele foi expulso da igreja é falsa. Isso está bem longe de acontecer. Entretanto existe uma petição online que já conta com mais de 1200 assinaturas para que ela saia do programa Direção espiritual. ( Petição para retirar o Padre Fábio de Melo do programa Direção Espiritual ).
O principal argumento é de que:
O Padre nega a natureza divina da Igreja, dizendo que Cristo queria implantar o Reino de Deus na Terra. Isso é Teologia da LIbertação já condenada pela Sé Apostólica, com a nuança de que a Igreja foi criação de homens e não de Cristo, Literalmente o padre disse:
"Jesus não queria a Igreja, queria o Reino de Deus, mas a Igreja foi o que conseguimos dar a Ele".
Ele também relativiza a presença real de Cristo na Eucaristia, dizendo que:
"O que é a presença real?[ ...] O pão e o vinho somente? Não.”
A presença real de Cristo é apenas na Eucaristia, sem embargo à onipresença de Cristo, no entanto, corpo, alma e divindade de Cristo estão presentes apenas na Eucaristia.
Essas e outras questões estão no site de maneira mais profunda.
Entretanto, apesar desses pedidos, é muito improvável que ele seja excomungado da igreja, enquanto isso ele continua pregando as missas e a frente do programa como sempre.